被称为治愈疾病过程中黎明前的黑暗-“赫氏消亡”到底是什么？“赫氏消亡反应”的本质是：有益菌大军和有害菌正在展开剧烈的斗争。这场惨烈的战争，细菌们或者转移阵地或者备战死。赫氏消亡反应发生的主要症状:肠胃胀气、排气较多、腹泻、发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等。
赫氏消亡反应的发生原因:补充菌和肠道原住民竞争营养、生存空间等，此时肠道就是细菌互搏的战场，呈现“焦土化”引起的身体不适。赫氏消亡其实是有害菌为了存活会释放比平时量更多毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗有益菌。而这些毒素在对抗有益菌的同时，也对人体产生了“副作用”的症状，其原因不是因为菌群移植，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌。即使出现这些副反应也是好信号，说明移植起作用了，有害菌正在死亡。随着坚持干预，病情就会逐渐好转，逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。这种现象最早于1895年由奥地利皮肤科医生Adolf Jarisch描述，1902年早期德国医生Karl Herxheimer也报告了类似的症状。后来医学界使用这两位医生的名字来命名这种现象，即Jarisch-Herxheimer Reaction，中国的简译则说赫氏反应。近年来的不断深入的研究还发现，赫氏反应还与其他病菌感染有关。有临床治疗发现，一名85岁的女性由于念珠菌（也叫假丝酵母，属真菌）感染而接受抗真菌药物治疗（口服氟康唑），在一次误用了双倍剂量后，皮肤红肿更加严重，但在医生坚持认为是赫氏反应，继续治疗后症状消失而完全康复。近20年以来人类共生微生物研究发现，自闭症儿童的肠道菌群有明显紊乱，部分自闭症儿童肠道真菌（如曲霉菌或者念珠菌）过度增殖，体内的真菌毒素严重超标。一项研究发现：一名自闭症男童在尿液在有机酸检测时发现大量曲霉代谢产物（包括 5-羟基-甲基-2-糠酸、呋喃-2,5-二羧酸和呋喃羰基甘氨酸），说明患者肠道内曲霉菌过度增殖；医生通过第一阶段大剂量抗真菌药物（伊曲康唑）和第二阶段小剂量伊曲康唑进行治疗，男童在第一阶段症状反倒有恶化表现，但加大剂量治疗之后开始改善。当症状明显改善且稳定后开始减小剂量维持；一年半的治疗之后，男童尿液中的曲霉代谢物大幅降低，自闭症症状也完全消失，还发展出出色的运动技能和音乐技能。在肺结核治疗时，刚开始服用抗结核药物后，大量结核杆菌死亡并释放免疫原性成分（包括结核杆菌蛋白和细胞壁等），部分人可能会加重原有症状，这种现象可持续数天甚至到数月。
在麻风病、艾滋病、丝虫病、炭疽热、布鲁氏病、流行性脑脊髓膜炎、Q热病、卡氏肺孢子虫肺炎、非洲锥虫病、盘尾丝虫病、类圆线虫病、旋毛虫病、疟疾等疾病和幽门螺旋杆菌感染的治疗过程中，均发现过相似的情况。念珠菌消亡反应：念珠菌（亦称白假丝酵母菌、白色念珠菌）在自然界广泛存在，也能生活在人的皮肤、口腔、胃肠道、肛门和阴道黏膜等处，数量较少时与人相安无事，因此也是人类的一个共生微生物，但也是一个“两面派”，即条件致病真菌。俗话说，就是你好的时候它跟你相安无事，你状况受点影响，它跟着立刻翻脸不认主子的那种。通常所说的酵母菌过度增殖大部分是指这个家伙。当人体通过抗真菌药物/益生菌/抑制念珠菌饮食等方法去消除念珠菌时，不少人可能会受遇念珠菌消亡反应的各种不适。除了念珠菌感染、小肠微生物过度生长、寄生虫感染等情况，还有不少人由于肠道菌群紊乱或是肠漏问题，可以通过饮食调整、菌群定植等改善肠道菌群，提升健康。这种干预一般都会促进有益微生物生长，而抑制或者去除有害微生物。因此在干预过程中，肠道中原本已经数量过多的念珠菌、艰难梭菌、大肠杆菌等致病菌或者条件致病菌们都在“垂死挣扎”的过程中就会释放各自的内毒素和内毒素样物质，刺激免疫，引起体内的“内战”，表现出消亡反应。肠漏患者的血液中存在的高浓度氨和脂多糖都是直接证据。在肠道微生物的调整过程中，虽然病原微生物在垂死挣扎中释放毒素不可避免，我们依然可以通过多种方法增强自身排毒和抗炎症能力，减轻甚至避免赫氏反应，主要方法包括以下9种：
保护肝脏。肝脏是人体第一大解毒器官，在降解微生物毒素中发挥了重要作用。避免酒精、果糖以及过量脂肪摄入有助于保持肝脏处于良好的功能状态。也要通过合理饮食来避免消化道里不友好的微生物建立“酿酒作坊”。
保护肾脏。肾脏是身体的第二大解毒器官和重要排毒器官，能够促进微生物毒素的代谢和排出。避免有糖化反应的食物（比如高温烹调的肉），保证充足的饮水都有助于肾脏处于良好的功能状态。食物中的糖和氨基酸可反应生成AGEs, 损伤肾脏，深入了解可参考如何减轻食物糖化对肾脏的损害。
多摄入高膳食纤维食物，促进胃肠蠕动，增加排便量。肠是人体第三大解毒器官和重要排毒器官，充足的膳食纤维和水的摄入，大幅度限量加工食品（添加剂会抑制好菌生长）和甜食（可促进条件致病菌和致病菌生长）摄入都有助于维持良好的胃肠功能状态。
充足的饮水。充足的饮水不仅有助于人体稀释有害物质对脏器的浓度压力、排出代谢废物（通过尿液、汗液、呼吸和排便)，还能维护人体的黏液屏障作用，促进各个器官维持良好的功能状态。充足的维生素摄入，充足的维生素A，B, C, E 摄入都有助于抗氧化抗炎症。补充益生菌或者含有活性益生菌的发酵食物，增加肠道微生物中的有益菌数量以及有益微生物的代谢产物。抗炎饮食。含有多种抗氧化物质的健康饮食能促进肠道有益微生物生长，促进肝肾肠的功能，减轻氧化压力和炎症。降低压力水平。通过运动和良好社交活动等方式降低压力水平有助于身体更好处理消亡反应中的炎症反应。充足的睡眠和休息能保证身体各个器官更好地工作，促进康复。
菌群严重失衡的人群在菌群移植后会出现赫氏消亡反应，但一般人群不易出现不良反应。
精准菌群移植会考虑到肠道总体菌属的结构，主要针对疾病相关的异常菌进行调整，类似局部摩擦。口服胶囊和菌液灌注都是从小肠开始进行菌群定植，损失的活菌少，1次性植入的菌量稳定。
菌群移植属于全菌调整，菌团之间可以相互配合也能拉拢自身细菌，避免了大量单一细菌对肠道的冲击。
大多数人几天至2周(极个别严重者会最长持续到4周)就会消失，身体转向康复阶段。
